Hasonló történeten én is keresztülmentem nemrég. Én úgy oldottam meg a dolgot, hogy kiművelődtem (valamennyire) a fájlrendszerekből, de csak annyira, hogy megértsem az NTFS működési elvét és az ext4 működési elvét s mert nekem sincsen évek óta kivéve a gépből a lemez, ext4-re formáztam. Azóta sincs vele semmi baj. Aztán még egy másik lemezt is, és végül még a hordozható 2 terrás mini WD-t is, amit hol a laptopra dugok, hol a PC-re. Részemről, a saját tapasztalataim okán, azt javaslom, válaszd az ext4-et.
Őszintén szólva én nem is értem, hogy a microsoft miért erőlteti még mindig az NTFS-t...